Você pode configurar descontos para pagamentos via boleto. O mesmo é feito em configurações > Boleto. 

Note que o valor cadastrado representará um % de desconto a ser aplicado no total do pedido (considerando valor do frete). Segue exemplo de como o exemplo se aplicará: 

  • Total de produtos: R$ 100,00
  • Total de frete: R$ 20,00
  • *desconto em pagamento por boleto: 5%
  • Desconto aplicado no pedido (devido ao pagamento por boleto):   R$ 6,00
  • Total do pedido: R$ 114,00

Veja prints abaixo para configurar os descontos:

Configurações:

Campo na área de Boleto:

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